En diciembre de 1945, los Harris viajaron a Tuskegee, Alabama, para pasar el invierno, un viaje que ya habían efectuado muchas veces. Paul no se sentía bien al partir de Chicago en tren. Al poco tiempo de su llegada, Harris se enteró de la muerte de Sylvester Schiele, uno de los cuatro fundadores de Rotary.
A comienzos de 1946, Harris contrajo la gripe. Chesley R. Perry, socio del Club Rotario de Chicago y secretario general de Rotary desde 1910 a 1942, se desplazó a Tuskegee y reportó que Harris recibía buena atención médica pero se sentía débil: "Tuvo problemas pulmonares durante muchos años, y no comía ni dormía lo suficiente". Los Harris no volvieron a Chicago hasta el 28 de marzo de 1946 y el siguiente año no repitieron el viaje a Tuskegee.
Harris murió en Chicago, el 27 de enero de 1947, a los 78 años de edad, tras una prolongada enfermedad. Los servicios fúnebres se celebraron en la Iglesia Congregacional de Morgan Park, en el sur de Chicago, hicieron uso de la palabra tres dirigentes de Rotary: Perry, el ex presidente de RI T.A. Warren, y el presidente de RI en ejercicio Richard Hedke. Varios ex presidentes del Club Rotario de Chicago cargaron el féretro. Se pueden leer sus discursos presionando aquí.
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Lápida de Paul Harris en el Cementerio Mount Hope, en el sur de Chicago. Silvester Schiele, el primer presidente del Club Rotario de Chicago, está enterrado a poca distancia. Jean Harris está enterrada en Escocia.
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Harris había indicado que en vez de que le llevasen flores prefería que se efectuasen contribuciones a La Fundación Rotaria. Varios días antes de su deceso, los dirigentes de Rotary habían reafirmado el compromiso suscrito por la organización en 1938, de recaudar 2 millones de dólares (en aquel momento, la Fundación tenía aproximadamente 650.000 dólares en sus cuentas). Tras recibir noticias de su muerte, se creó el Fondo en Memoria de Paul Harris, como medio para solicitar tales fondos. Se alentó a los rotarios a conmemorar la memoria del Fundador aportando al fondo, el cual se utilizaría para cumplir propósitos de gran importancia para Harris.
Dicho fondo contribuyó a establecer las Becas de La Fundación Rotaria para estudios avanzados, cumpliendo así uno de los nuevos objetivos de la Fundación aprobados por la Directiva de RI y el Consejo de Fiduciarios de la Fundación en enero de 1946. En su reunión de mayo/junio de 1947, la Directiva asignó 60.000 de los 228.000 dólares recaudados a solventar dicho programa (aunque al inicio se limitaba a 10 becas, el programa terminó costeando los estudios de 18 becarios durante el primer año). Durante el primer año, a este programa se lo conocía como Becas Paul Harris de la Fundación, para estudios avanzados.
Hoy en día el más apto no es aquel que posea las más poderosas garras o espolones, sino quién sea capaz de reconocer que el propio éxito depende del éxito de los demás habitantes de la comunidad en la que vive; que el éxito de la propia comunidad depende del éxito de las otras comunidades... que ninguna comunidad puede bastarse a sí misma y que nadie puede lograr el éxito por sí solo. 
Las ramificaciones de Rotary sobrepasan los límites de la imaginación. Su influencia alcanza a casi todas las fases de la vida moderna y constantemente la perspectiva de sus socios se amplía y a través de tal proceso la beneficia del compañerismo, el néctar de la vida. Estas son tan sólo algunas de las razones por las cuales los rotarios valoran su afiliación a Rotary. 
